تعتبر مدينة ودمدني المدينة التي انبثق منها المفهوم الوطني للتعليم الأهلي في تاريخ السودان الحديث .. وفكرة التعليم الأهلي قد نشأت في بدايتها، كمحاولة لكسر الطوق الاستعماري حول التعليم. حيث عمل الخيرون من أبناء ودمدني على كسر هذا الطوق، كميا ونوعيا، بما يمكن تسميته بثورة التعليم الأهلي الأولى، وذلك في النصف الأول من أربعينات القرن العشرين .. فأصبحت الفرص متاحة لأبناء هذا الوطن لتلقي التعليم خارج النظام الحكومي .. ولما أعلنت الدولة عن بداية التصديق لجامعات وكليات أهلية، ولدت كلية ودمدني الأهلية ككلية أهلية قومية غير خاصة وغير ربحية .. ولابد أن نؤكد هنا أنها أهلية وليست خاصة، بمعنى أن الفائض المالي لا تعود أرباحا إلى فرد أو أسرة أو جماعة وإنما يوظف في ترقية المنشأة الأهلية من حيث تطوير البرامج وتطوير القاعات والمعامل واستخدام أساتذة أكثر كفاءة وزيادة تأهيل الأساتذة الموجودين.

بدأت كلية ودمدني الأهلية أولى محاضراتها في 2/ فبراير/1992م، وفي 17/أبريل/1995 احتفلت مدينة ودمدني بتخريج الدفعة الأولى في هذه الكلية وهي الدفعة التي بلغ عدد خريجيها(87)  طالبا وطالبة من حملة الدبلوم في إدارة الأعمال والمحاسبة، وفي 1/ابريل/1997 انتقلت الكلية إلى مبانيها الحالية بود مدني التي تقع والي 180كم جنوب الخرطوم.